Wysokiej jakości biopaliwo wymaga precyzyjnego, zaawansowanego technologicznie procesu. Produkcja biopaliwa rozpoczyna się od surowców biologicznych, takich jak olej sojowy, niejadalny olej kukurydziany, odpady tłuszczów zwierzęcych i zużyty olej kuchenny. Pierwszym krokiem do zapewnienia wysokiej jakości biopaliwa jest usunięcie zanieczyszczeń z surowca poprzez proces rafinacji zwany obróbką wstępną. Rafinowany surowiec jest mieszany z alkoholem przy użyciu katalizatora chemicznego. Nazywa się to transestryfikacją, w wyniku której powstają dwa produkty: estry metylowe – chemiczna nazwa biopaliwa oraz gliceryna – cenny produkt uboczny, wykorzystywany w produkcji mydeł i innych wyrobów. Po oddzieleniu gliceryny, estry metylowe są myte, a pozostały metanol jest usuwany w dodatkowych etapach, co zwiększa jakość produktu końcowego. Jednym z najbardziej krytycznych etapów w procesie produkcji jest faza oczyszczania.